Заштита воде од загађивања спроводи се ради омогућавања нешкодљивог и несметаног коришћења вода, заштите здравља људи, животињског и биљног света.

У области заштите вода у оквиру надлежности прописаних Законом о водама ( „Сл. гласник РС“ бр. 30/2010) одвијају се следеће активности:

• праћење стања и испитивање квалитета воде,
• припрема и израда планова управљања водама,
• предузимање мера заштите вода и мера у случају хаваријских загађења воде,
• праћење остваривања плана заштите вода, пречишћавање отпадних вода, заштита вода и акватичне флоре и фауне и акватичних екосистема у складу са прописима и стандардима Европске уније,
• сарадња се Републичком дирекцијом за воде, надлежним Министарствима, водопривредним и јавним комуналним предузећима, надлежним општинским органима, Републичким хидрометеоролошким заводом, Савезном јавном установом за одржавање и развој унутрашњих пловних путева, односно надлежном Лучком капетанијом и другим органима и институцијама по потреби по питању заштите вода,
• израда катастра загађивача вода и праћење коришћења вода од стране индустрије,
• припрема података и подлога за наплату накнаде из области снабдевања индустрије водом и прихватања употребљених вода,
• израда планова и програма водопривредних радова и организовање студијско истраживачког рада у домену заштите вода,
• учешће у изради и припреми свих планова, програма, пројеката и извештаја у области заштите вода,
• послови у билатералној и другим видовима сарадње по питању заштите вода и природних ресурса,
• припрема материјала за пројекте из области заштите животне средине које финансирају међународне и друге организације,
• организовање и координирање значајних активности за које се доносе посебни планови (Мере заштите вода од загађивања, Водопривредни информациони систем ВИС),
• учешће у изради и припреми свих планова, програма, пројеката и извештаја у домену међународне сарадње у области заштите вода,
• обављање стручног надзора над извођењем радова у случају хаваријског загађења.